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Adicionar diretamente ao php.ini, para o caso de se ter acesso ao php.ini no servidor.

session.save_path = "/var/www/html/tmp"
cgi.force_redirect = 1
allow_url_fopen= 0
display_errors = 0
expose_php = 0
magic_quotes_gpc = 0
memory_limit = 8388608
#open_basedir = 1
post_max_size = 262144
upload_max_filesize = 262144
upload_tmp_dir = "/var/www/html/tmp"
disable_functions = proc_open, popen, disk_free_space, set_time_limit, leak, tempfile, exec, system, shell_exec, passthru, curl_exec, curl_multi_exec, parse_ini_file, show_source, apache_get_modules,apache_get_version,apache_getenv,apache_note, apache_setenv, disk_free_space, diskfreespace, dl, highlight_file, ini_alter, ini_restore, openlog, proc_nice, symlink, phpinfo 

Adicionar ao configuration.php, para o caso de não ter acesso direto ao php.ini

ini_set('session.save_path', '/var/www/html/tmp');
ini_set('cgi.force_redirect', 1);
ini_set('allow_url_fopen', 0);
ini_set('display_errors', 0);
ini_set('allow_url_include', 0);
ini_set('expose_php', 0);
ini_set('magic_quotes_gpc', 0);
ini_set('post_max_size', '262144'); // Ajustar a gosto
ini_set('upload_max_filesize', '262144'); // Ajustar a gosto
ini_set('upload_tmp_dir','/var/www/html/tmp');
// Funções a serem desabilitadas
$disfunctions = 'proc_open, popen, disk_free_space, set_time_limit, leak, tempfile, exec, system, shell_exec, passthru, curl_exec, curl_multi_exec, parse_ini_file, show_source, apache_get_modules, apache_get_version, apache_getenv, apache_note, apache_setenv, disk_free_space, diskfreespace, dl, highlight_file, ini_alter, ini_restore, openlog, proc_nice, symlink, phpinfo';
ini_set('disable_functions', $disfunctions);

Verificar existência e as versões no seu servidor:

zend_extension=/usr/local/php52/lib/php/extensions/ioncube.so
zend_extension_manager.optimizer=/usr/local/Zend/lib/Optimizer-3.3.3
zend_extension_manager.optimizer_ts=/usr/local/Zend/lib/Optimizer_TS-3.3.3
zend_optimizer.version=3.3.3
zend_extension=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager.so
zend_extension_ts=/usr/local/Zend/lib/ZendExtensionManager_TS.so 

Vários dos recursos acima você precisará confirmar com o suporte do seu servidor para ver se estão disponíveis.